1999年某个东西被卡车运出了馆山市几天后哥斯拉登陆了馆山特生自卫队出动与之展开了苦战在战斗中自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰）自己却侥幸活了下来并被派去了资料科 　　另一方面日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙柘植首相辞职由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相同时茜被派去了机龙队担任机龙的操作员 　　就在准备机龙测试机动时哥斯拉又在东京湾出现了机龙赶赴现场与哥斯拉对战却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂突然暴走在城市中造成了大破坏 　　为了改良机龙汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...